船舶所有人因债务问题被扣押，是否可以申请破产保护？

如果债务问题严重，船舶所有人可以申请破产保护，通过法律程序暂停执行措施，并寻求债务重组或清算方案。

建议咨询专业律师，评估企业财务状况，准备相关材料，向法院提交破产申请，以争取合法的债务解决方案。