医保报销后对剩余自付的医疗费用有异议，能申请仲裁吗？

这种情况是否能申请仲裁同样以仲裁约定为前提，剩余自付部分的费用争议，属于你和医疗机构之间的民事争议，只要双方达成了有效仲裁约定，申请仲裁就符合法律规定，不存在合法性障碍，不受医保报销已经完成的影响。

你可以先核实你和医疗机构之间是否存在有效的仲裁约定，有约定的话直接按约定提起仲裁即可；如果没有约定，你可以先向医保部门反馈费用问题，由医保部门核查违规收费情况，也可以直接就自付费用争议向法院提起民事诉讼。