对方公司拖欠我方借款，但声称已经还清，我该如何证明未还款？

你可以通过银行转账记录、借款合同、催款函等证据证明对方未履行还款义务，法院会依据证据作出判决。

建议尽快联系律师，整理相关证据材料，并向法院提起诉讼，防止对方转移财产。