公司委托我开发软件后，擅自申请了软件著作权，我如何应对？

如果软件是你独立开发的，公司擅自登记可能侵犯你的合法权益，你可以提出异议或主张权利。

建议尽快联系版权登记机构，提交相关证据材料，并考虑通过法律手段维护自己的著作权。