公司擅自修改员工使用的内部管理软件，是否违法？

公司修改内部软件若影响员工合法权益，可能涉嫌侵权。需判断修改是否违反劳动合同或公司规定。

建议员工保留相关证据，并向公司人力资源部门提出异议。必要时可寻求法律援助。