公司非法经营罪调查中，如何避免被认定为共犯？

需明确区分公司行为与个人行为，证明相关人员未参与或不知情，以避免被认定为共犯。

建议通过内部审计和证据收集，由律师协助向调查机关说明相关人员的职责范围和行为性质。