第三方机构帮我做侵犯商业秘密罪案件的证据保全合法吗？

具备合法资质的第三方机构提供的证据保全服务是符合法律规定的，不存在合法性瑕疵，其出具的存证证明可以作为证据提交给司法机关。

你要选择有合规存证资质、在司法机关完成备案的第三方平台做存证，存证时完整上传原始证据，留存好平台出具的存证证书，后续如果有需要可以请平台出具官方存证证明，也可以再找公证处对存证结果做公证来补强效力。