我的技术被合作方非法复制，但合同中没有明确约定，我该怎么办？

您可以主张对方违反了商业道德和诚实信用原则，要求其停止使用并赔偿损失。

建议通过补充协议明确技术使用范围，并在发现侵权后立即发函警告，保留沟通证据。