公司之间有借款协议，对方声称已还款但没有凭证，公司该如何应对？

对方声称已还款但无凭证，公司可以依据借款协议主张其未履行还款义务，并要求提供相关证据。

建议公司通过律师发函催告，或向法院申请调查对方的银行账户流水，以确认是否实际还款。