合作开发的软件被合作伙伴注册了商标，我该怎么办？

如果合作开发时未明确约定商标权归属，可能默认归双方共有。合作伙伴单方面注册可能违反合同约定。

建议查看合作协议，收集开发证据，并与对方协商解决，必要时通过法律途径主张共有或转让权利。