公司用我设计的logo申请了商标，我是否可以主张权利？

如果logo的著作权归属于您，公司未经许可申请商标可能侵犯您的权利。但若已转让版权，则通常不构成侵权。

建议查看委托设计合同，确认是否授权公司使用或注册商标。如有争议，可向商标局提出异议或寻求法律救济。