合作开发的软件著作权归属不清，导致对方擅自商用，是否可以索赔？

合作开发的软件著作权归属应依据合同约定，若对方擅自商用且无合法依据，可要求其停止侵权并赔偿损失。

建议尽快联系律师，明确著作权归属，并通过法律途径追究对方的侵权责任。