合作公司未按协议支付货款，是否可以申请仲裁？

如果合作协议中有仲裁条款，可以向约定的仲裁机构申请仲裁，要求对方支付货款。

仲裁前应确认协议是否有效，以及对方违约的具体事实，保留相关证据。