合作方擅自将我们共同开发的软件注册为域名，我该如何维权？

您可以通过合同约定的知识产权归属条款主张权利，证明该域名侵犯了您的合法权益。

建议收集合作期间的沟通记录和开发证据，向域名注册商提交争议解决申请。