员工离职后，公司以保密协议为由扣发工资是否合法？

保密协议不能成为公司拒付工资的理由，员工有权要求公司支付全部工资。

建议员工与公司协商，若协商无效，可向劳动监察部门投诉或申请仲裁，同时保留好相关协议和工资记录。