因历史遗留问题导致土地使用权和房屋所有权分离合法吗？怎么处理？

这种分离大多是过去房地分别登记的制度不完善遗留的问题，一般不是当事人故意违法导致的，本身不违反法律的强制性规定，也不会直接否定房屋所有权人、土地使用权人各自权利的合法性，仅属于权利状态存在瑕疵，会影响房屋后续的转让、抵押等处分行为。

权利相关人可以共同到不动产登记机构说明情况，提交当时的建房审批文件、原始房地权属证明，申请办理房地一体的不动产权登记；如果涉及权利归属争议，可以先向法院起诉确定权利归属，再凭生效判决办理统一登记。