公司被指控非法经营，是否会影响知识产权申请？

非法经营罪的指控可能影响公司信誉，但不会直接导致知识产权申请无效，需具体分析相关行为的关联性。

建议在处理非法经营问题的同时，保留知识产权相关材料的合法性证明，以备后续审查需要。