委托开发的软件被开发方申请了版权，公司怎么办？

公司可依据委托合同主张版权归属，并向版权登记机关申请撤销或更正登记。

建议公司及时收集开发过程、合同、支付凭证等证据，必要时提起诉讼维护自身权益。