公司间合作被控诈骗，但资金往来是基于合作协议，如何证明无罪？

应提供合作协议、往来函件、会议纪要等，证明资金流动是基于双方真实意思表示和合法约定。

建议整理合作过程中的所有书面证据，并由律师协助进行法律分析，以明确商业行为的合法性。