业务本身合法，但被控非法经营，如何应对司法机关调查？

在调查过程中，应如实提供业务资料，并说明业务的合法性，避免隐瞒或提供虚假信息。

建议在律师陪同下配合调查，确保所有陈述和提交的材料都经过专业审核，以维护自身权益。