我注册了商标，但发现别人已经用我的商标注册了域名，还能申请吗？

商标注册和域名注册是两个独立的系统，商标注册在后不影响他人已注册的域名，但您仍可主张权利。

建议通过法律途径或域名争议解决机制处理，同时考虑注册相关域名以保护品牌。