公司员工说已经归还借款，但公司账户没收到，如何处理？

员工声称已还款但公司未收到，应核实其是否通过个人账户转账或现金支付，并要求其提供相关凭证。

若员工无法提供有效证明，公司可依据内部协议或劳动合同追究其责任，必要时可报警处理。