公司被指控虚开发票，如何准备证据反驳？

应提供交易真实性的证据，如货物运输单据、付款凭证、客户确认函等，证明发票开具与实际业务相符。

建议整理所有相关业务往来记录，并由律师协助撰写情况说明，向办案机关提交以澄清误解。