员工离职后，公司以保密协议为由扣留工资，是否合理？

保密协议不能作为扣留工资的理由，工资支付与保密义务是两个独立的法律问题。

如果公司以此为由扣留工资，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司依法支付工资。