公司特许经营合同中，如何保护自有知识产权？

公司应在合同中明确约定对自有知识产权的保护措施，包括保密义务和禁止擅自使用等条款。

合同签订后，应定期对合作方进行知识产权使用情况的检查，确保条款得到有效执行。