员工与公司签订加盟协议后离职，公司是否可以扣留保证金？

如果员工离职与加盟协议无直接关联，公司无权单方面扣留保证金，需按合同约定处理。

建议查看合同中关于离职的条款，与公司协商解决，若协商不成，可向劳动仲裁机构申请仲裁。