公司遭遇恶意诉讼，如何证明对方与原告之间存在利益输送？

可以通过调查对方与原告之间的资金往来、合作背景或是否存在关联关系，来判断是否存在利益输送。

建议申请法院调取相关银行流水、合同等资料，并由律师协助提交相关证据以支持抗辩。