特许经营合同中，总部的专利权是否需要特别注明？

是的，合同中应明确总部是否拥有相关专利权，以及授权使用的方式和范围，避免后续侵权风险。

建议在合同中加入专利权有效性条款，并约定总部在专利权失效或被撤销时的补救责任。