非法经营调查中，公司能否申请知识产权保护？

调查本身不影响公司申请知识产权保护，但若涉及违法经营，可能影响知识产权的合法性和后续维权。

建议在律师协助下，尽快完成知识产权的申请和备案，同时确保相关经营活动合法合规。