我帮朋友设计的APP被他公司注册了，我还能主张权利吗？

是否能主张权利取决于是否有书面协议约定著作权归属。如果没有明确约定，您可能仍拥有该作品的著作权。

建议保留设计稿、开发记录和沟通证据，必要时通过法律途径主张权利，或与对方协商解决。