公司员工声称已归还借款，但公司未收到，如何处理？

员工借款争议需以书面协议和实际还款凭证为准。公司应核实员工是否通过正规渠道归还，并保留相关记录。

建议公司内部调查员工的还款行为，并要求其提供银行转账记录或收据。必要时可向劳动仲裁机构申请处理。