业主大会通过的决定被指出程序不合法，可以怎么处理？

如果业主大会决议在程序上存在不合法之处，例如未按规定通知业主或投票比例不符合要求，业主可以依法提出异议并申请撤销。

建议先收集相关证据，如会议通知、表决记录等，然后向法院或相关行政机关提交书面申请，说明具体瑕疵。