同居关系中，一方擅自将共有财产用于公司经营，是否合法？

未经共有人同意，将共同财产用于公司经营可能构成侵权行为，需承担相应的法律责任。

建议查看公司注册及资金使用记录，收集证据，并通过法律手段追责或要求赔偿。