员工收入来源复杂，公司如何处理个税代扣？

公司应根据员工所有收入来源，综合计算应代扣的个人所得税，并依法申报。

建议公司与员工沟通收入构成，确保代扣个税的准确性，必要时可咨询税务专业人士。