合同中约定专利权归属，但申请被驳回后如何处理？

合同中明确约定专利权归属的，即使申请被驳回，仍可依据合同条款主张相关权利。

建议在复审或诉讼中提交合同文本，并与对方协商后续处理方式，如重新分配研发任务或经济补偿。