员工自动离职后公司扣押个人档案合法吗？

员工自动离职属于解除劳动关系的情形，哪怕员工离职程序存在一定瑕疵，公司也不能以此为由扣押员工档案，这种行为依然违反劳动法律规定，属于违法行为。

自动离职的员工可以主动联系原单位说明情况，协商办理档案转移；协商不成的可以通过劳动监察部门投诉处理，如果因为单位扣档造成了新单位无法入职、社保断缴等损失，还可以要求原单位承担赔偿责任。