合同中约定的商标权归属不明确，对方擅自注册是否违法？

如果合同未明确商标权归属，对方在未协商一致的情况下注册可能构成违约或侵权。

建议通过补充协议明确商标权归属，或在发现对方注册后及时协商解决，协商不成可向法院提起诉讼。