宅基地上建房被认定为违建，但建房人与村委会有协议，是否可以作为抗辩理由？

村委会的协议不能替代法定的规划许可，若房屋确实违建，仍可能被依法拆除。

建议将协议内容提交给相关部门，作为协商处理的参考，但不能保证完全免除拆除责任。