房屋产权证上的名字是公司，但实际由合作方出资，如何确认产权归属？

产权归属需根据出资协议、资金流向、合同约定等综合判断，若无明确协议，可能需通过法律途径确认。

建议合作双方在出资前签订书面协议，明确产权归属和出资比例，避免日后产生纠纷。