公司被税务机关调查，如何保护自身合法权益？

在税务调查过程中，公司应配合调查，但同时有权要求调查人员出示合法手续，并对调查过程提出异议。

建议公司指定专人负责对接税务机关，同时委托律师全程参与，确保程序合法并及时提出法律意见。