合同纠纷中，股权转让协议被认定无效后如何处理？

如果股权转让协议被认定无效，合同双方应当恢复原状，返还已取得的财产，并赔偿对方因此受到的损失。

建议及时与对方协商解决，若协商不成，可向法院提起诉讼，要求确认无效并主张相关权益。