我在合作项目中设计的logo被对方注册了商标，我该怎么办？

如果合同中未明确约定logo的知识产权归属，您可能仍拥有部分权利，可要求对方停止使用或给予补偿。

建议您尽快与对方协商，或通过律师发函主张权利，必要时可提起诉讼。