合作开发的软件被对方公司单方面注册了著作权，我该怎么办？

如果合作开发前未明确约定著作权归属，你可以主张共同著作权，并要求对方停止单方面注册行为。

建议收集开发过程中的沟通记录、分工证据等，必要时通过法律途径确认著作权归属并进行维权。