合作公司未经允许使用我们的品牌注册了非法网站，我该如何通过法律手段处理？

对方可能违反了合同约定，您可以依据合同条款追究其责任，并向域名注册商投诉。

建议联系律师，提起诉讼要求对方赔偿损失，并申请域名注销或转移，以保护品牌声誉。