同居关系中孩子出生后，父亲不承认亲子关系怎么办？

如果父亲否认亲子关系，可以通过医学鉴定或法院诉讼来确认。法律支持通过科学手段解决此类争议。

建议在孩子出生后尽快进行亲子鉴定，并保存相关证据。若协商无果，可向法院提起诉讼，要求确认亲子关系。