我在工作中开发的软件被公司占为己有，我该怎么办？

根据劳动法相关规定，你在工作中开发的软件可能属于职务作品，但具体归属需看劳动合同和公司制度的约定。

建议查阅劳动合同和公司内部规定，确认软件归属。如存在争议，可向劳动仲裁机构申请仲裁或提起诉讼。