公司与合作方因履行协议发生争议，是否可以申请仲裁？

若合作协议中约定仲裁条款，公司与合作方因履行协议发生争议时，可依据约定向仲裁机构申请仲裁。

建议在协议中明确仲裁条款，包括仲裁机构、地点和程序。仲裁通常比诉讼更快捷，且具有保密性，适合商业纠纷。