合作方擅自修改合同条款并发布新版协议，我该如何应对？

合同条款未经协商擅自修改可能构成违约。你可以主张对方未履行合同义务，并要求恢复原条款或赔偿损失。

建议及时与对方沟通，要求其提供修改依据，并保留原合同副本，必要时可申请仲裁或提起诉讼。