公司与员工发生劳动纠纷，如何合法处理？

公司应依据劳动合同和相关法律规定处理纠纷，如协商不成，可申请劳动仲裁或提起诉讼。

建议保留员工考勤、工资发放、工作记录等证据，同时咨询专业律师，确保处理过程符合劳动法规定。