合作方修改了我们共同开发的软件并私自发布，我该如何处理？

根据合同约定，擅自修改和发布可能构成违约。你可以要求对方承担违约责任并停止侵权行为。

建议先与对方协商，若协商无果，可通过法律途径主张权利，同时保留相关证据。